• Los aportes de capital asignados como fondo inicial, por la Alta Dirección del Gobierno Regional de Loreto.
• Los montos generados por las Leyes N° 24300 y N° 26385, provenientes del 12% del Canon Petrolero para Programas Promocionales de Crédito a los productores agropecuarios y pesqueros, y obras de infraestructura en apoyo a los productores antes mencionados, que fueren asignados por la Alta Dirección del Gobierno Regional de Loreto de acuerdo a la normatividad vigente.
• Los bienes inmuebles que se le cedan en propiedad, o afecten en uso, en comodato o para su administración.
• Los recursos provenientes de recuperación o cobranza de Programas de Crédito anteriores que tuvieron como fuente inicial el 12% del Canon Petrolero y que le fueron formalmente asignados.
• Otros recursos asignados por la Alta Dirección del Gobierno Regional, provenientes de personas naturales o jurídicas, Gobierno Central, Instituciones Afines u Organismos No Gubernamentales de Desarrollo de contribuyan al logro de los objetivos del Programa Regional de Crédito.
• Los recursos que reditúa el o los Programas, a partir del inicio de sus operaciones.

El equipo del FONDELOR posee conocimiento del Sistema Crediticio concatenado con la producción agraria y pesquera, a la vez que elaborar y evaluar proyectos conjuntamente con los Órganos Participativos del Programa Regional de Créditos Agrarios, Pesqueros; para formular los Expedientes de Crédito, y llegando a realizar estudios socioeconómicos de las cadenas productivas, servicios ambientales y promoción comercial.

Para la operatividad del Programa de Crédito, se cuenta con dos Unidades Ejecutoras, la Dirección Regional Agraria con el Programa de Créditos Agrarios - PROCREA y la Dirección Regional de la Producción, así mismo cuenta con un órgano regional que es la Coordinación Regional del Programa de Crédito.

La aprobación de los préstamos está a cargo del Comité Local de Crédito, con autonomía y tiene funcionamiento en 2do piso de la sede de la Dirección Regional Agraria de Loreto en la ciudad de Iquitos, provincia de Maynas.

El Comité Regional de Crédito funciona en la sede central del Gobierno Regional de Loreto, en la ciudad de Iquitos, provincia de Maynas, es la instancia superior encargada de supervisar al Comité Local de Crédito y el desarrollo del programa de crédito. La recuperación de los préstamos está a cargo de la Gerencia Regional de Recaudación.

Anualmente la oficina del FONDELOR desarrolla un conjunto de actividades para la optimización del Programa Regional de Créditos Agrarios, Pesqueros y Fondo Rotatorio Supervisado:

• Evaluación financiera de Paquetes Tecnológicos de Productos, Proyectos Productivos y/o Expedientes Técnicos, con posibilidades de financiamiento.
• Participación en la reformulación del Programa de Créditos Agrarios – PROCREA.
• Participación en la Reformulación de Promoción para la Producción Pesquera.
• Elaboración del Programa Anual de Capacitaciones conjuntamente con las Unidades Ejecutoras, para productores, beneficiarios y promotores a nivel regional.
• Participación en la Reformulación del Plan de Sinceramiento y Reprogramación de la Deuda Vencida de los Proyectos Productivos correspondientes a cada sector.
• Seguimiento y control de las recuperaciones y refinanciaciones de los créditos otorgados por Proyecto, Finalidad y Jurisdicción.  Verificación in situ de los proyectos en ejecución y Bienes que se adquieren con los mismos.
• Coordinar la Formulación de los Convenios y Contratos de Fideicomiso con Instituciones Financieras Intermediarias (IFI’s).
• Evaluación del cumplimiento de los Convenios y/o Contratos con Instituciones Financieras Intermediarias (IFI’s).
• Verificación de Adendas con las Instituciones Financieras.
• Evaluación del Funcionamiento de los Órganos Participativos del FONDELOR.